A história do Niteroiense Futebol Clube começou em 11 de maio de 1913, quando foi fundado o Nictheroyense Football Club, uma das agremiações pioneiras do futebol fluminense. Em uma época em que o esporte ainda dava seus primeiros passos no estado do Rio de Janeiro, o clube participou da construção das bases do futebol regional, sendo um dos fundadores da Liga Sportiva Fluminense, responsável pela organização dos primeiros campeonatos estaduais.

Rapidamente, o Nictheroyense consolidou-se como uma das principais forças esportivas de Niterói. Em 1918, conquistou o Campeonato Fluminense, principal competição do antigo estado do Rio de Janeiro, alcançando um dos momentos mais marcantes de sua trajetória. Nos anos seguintes, o clube continuou a desempenhar papel de destaque no cenário esportivo local, acumulando títulos, rivalidades históricas e participações importantes nas competições fluminenses.

Em 1943, acompanhando a atualização da grafia oficial do nome da cidade, o clube passou a adotar a denominação Niteroiense Futebol Clube. Ao longo das décadas seguintes, manteve presença constante na vida esportiva e social de Niterói, tornando-se uma das instituições mais tradicionais do município e integrando a história do futebol niteroiense.

As transformações vividas pelo futebol brasileiro na segunda metade do século XX, somadas a dificuldades estruturais enfrentadas pelo clube, culminaram no encerramento de suas atividades em 1981. Ainda assim, sua história permaneceu preservada na memória da cidade, em registros históricos, acervos, pesquisas e na lembrança daqueles que acompanharam sua trajetória.

Até que, em 2024, mais de quatro décadas depois, o nome Niteroiense voltou aos gramados, iniciando um novo capítulo de uma história que começou em 1913, com o objetivo de recolocar a cidade de Niterói no cenário do futebol estadual.

Os resultados vieram rapidamente. Em sua primeira temporada desta nova etapa, o Niteroiense conquistou a Série C do Campeonato Carioca e a Taça Waldir Amaral, garantindo o acesso à Série B2 Estadual. Poucos meses depois, uma nova campanha de destaque proporcionou mais um acesso, levando o clube à Série B1 e consolidando uma ascensão marcante no futebol carioca.